藻类有着众多的种类，据统计，就目前已知的种类就已经有3万种左右。早期的植物学家多将藻类和菌类纳入一个门，即藻菌植物门。随着人们对藻类植物认识的不断深入，特别是从巴暄的平行进化学说发表以后，认为藻类不是一个自然分类群，并根据它们营养细胞中色素的成分和含量及其同化产物、运动细胞的鞭毛以及生殖方法等分为若干个独立的门。对于藻类的分门，也有很大的分歧，而在我国多将藻类分为12个门。

根据藻类的光合色素、个体形态、细胞结构、生殖方式和生活史等，可将藻类分为10门：蓝藻门、裸藻门、绿藻门、轮藻门、金藻门、黄藻门、硅藻门、甲藻门、褐藻门和红藻门，其中，蓝藻门、裸藻门、绿藻门、硅藻门的一些藻类与水体富营养化有关。

藻类是水体中的初级生产者，也是水生食物链的基础环节，在光合作用下它们吸收水中的无机营养盐和二氧化碳，制造有机物，它们的存在无论是水体生产能力还是水体污染的自净作用均具有十分重要的意义，因此，在研究读物或废水对水环境的影响时，都把藻类测试作为一种重要内容。

藻类植物约有3万种，主要分布于淡水或海水中，分为淡水藻类和海洋藻类两种，包括蓝藻门Cyanophyta、裸藻门Euglenophyta、甲藻门Pyrrophyta、金藻门Chrysophyta、黄藻门Xanthophyta、硅藻门Bacillariophyta、绿藻门Chlorophyta、红藻门Rhodophyta、褐藻门phaeophyta。体型多样，有单细胞、群体（由许多单细胞聚集而成，细胞没有紧密的生理联系）、多细胞的丝状体及叶状体；高等种类已有简单的组织分化。